СТРУКТУРНАЯ ОСНОВА МЕХАНИЗМА ИНГИБИРОВАHИЯУРИДИНФОСФОРИЛАЗЫ ИЗ Salmonella typhimurium

摘要

Приведены результаты детального исследования методом рентгеноструктурного анализа простран-ственных структур трех комплексов уридинфосфорилазы из Salmonella typhimurium: ингибитором 2,2'-ангидроуридином, c субстратом PO_4 и c двойным комплексом c ингибитором 2,2'-ангидроури-дином вместе c субстратом PO_4. Структуры молекул комплексов уточнены при различном разрешении: 2.38, 1.5 и 1.75 А соответственно. Рассмотрены изменения пространственного строения субъединиц из разных структур, исследованных нами, в зависимости от нахождения или отсутствия в активном центре фермента молекулы ингибитора и (или) иона фосфата. Установлено, что наличиеиона фосфата в фосфатсвязывающем сайте значительно меняет ориентацию боковых радикаловаминокислотных остатков Arg30, Arg91, Arg48, координирующих этот ион. Проведенные сравнения свидетельствуют o нестабильности петли L9, имеющей высокую степень подвижности. Координаты атомов уточненных структур комплексов и соответствующие им фурье-спектры рентгеновских интенсивностей приняты Международным банком белковых структур — (D PDB: 3DD0, 3С74. На основании полученных экспериментальных сведений o пространственной реорганизации активного центра при изменении его функциональных состояний от нелигандированного к полностью ин-гибированному предложен структурный аспект механизма ингибирования уридинфосфорилазы из Salmonella typhimurium.