银杏转录组SSR位点分布及其序列特征分析

摘要

[目的]为了探究银杏叶片转录组中简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)的位点信息,以丰富银杏分子标记库,为日后银杏SSR分子标记的筛选和开发、SSR遗传多样性分析、遗传图谱构建和品种鉴定及种质资源保护奠定理论基础.[方法]利用Illumina HiSeq?2500高通量测序平台获得银杏叶片转录组数据,然后采用MicroSAtellite(MISA)软件对测序获得的299373条Unigenes序列SSR位点的分布特征进行分析;再利用转录组数据开发SSR分子标记,对6份不同品种(单株)的银杏叶片材料进行扩增和筛选.[结果]通过组装得到了299373条Unigenes序列,其总长为232983.457 kb,其中,G+C的占比为42.82％.通过检测,共搜索到SSR位点17821个,SSR位点的出现频率为5.95％,即平均长为13.07 kb的序列中就含有1个SSR位点,其中,有16163条Unigenes序列含有1个以上的SSR位点;SSR位点重复类型中最主要的类型是二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR位点总数的74.46％和23.37％,其中的AG/CT、AAG/TTC分别是二核苷酸、三核苷酸的优势重复单元,分别占SSR位点总数的31.19％和4.65％;对5种不同SSR位点重复类型的重复次数的统计结果表明,重复次数为5～11次的不同SSR位点类型占SSR位点总数的90.21％;基序长度为10～20 bp的SSR位点数占SSR位点总数的83.17％.利用6个不同品种(单株)的银杏叶片材料对所有引物进行筛选,得到了条带清晰、稳定且多态性好的引物.[结论]根据转录组测序数据中不同SSR位点的分析结果可知,转录组中SSR位点的出现频率相对较高、平均距离较短,说明转录组中SSR位点的数量和种类均较多.随着重复次数的增加,SSR位点的出现频率随之降低.重复次数和基序长度也都说明了转录组测序所得的SSR位点大部分具有多态性的潜能.试验筛选出了条带清晰、稳定且多态性好的引物,其不仅适用于后续的银杏遗传多样性分析,还可以用于银杏的遗传图谱构建和品种鉴定等方面的研究之中.