光亮橡胶树叶绿体基因组测序组装与注释

摘要

[目的]为了研究光亮橡胶树叶绿体基因组序列特征,从基因组层面评价光亮橡胶树的育种可利用性,从而为橡胶树近缘野生种的深度评价和有效利用提供参考依据.[方法]以光亮橡胶树嫩叶为材料,通过提取高质量基因组DNA、构建测序文库、illumina HiSeq 2000测序、叶绿体基因组拼接组装、生物信息学注释,获得了完整的光亮橡胶树叶绿体基因组图谱,并将其与大戟科其他12个已完成叶绿体基因组测序的物种进行了进化分析.[结果]光亮橡胶树叶绿体基因组为典型的双链环状结构,其大小为161124 bp,由1个大单拷贝区域、1个小单拷贝区域和2个反向重复区域这4个区域组成;光亮橡胶树叶绿体基因组包含A碱基51495个、T碱基52022个、G碱基28915个、C碱基28692个,GC含量为35.75％;通过生物信息学注释共得到134个基因,其中,86个为蛋白编码基因,4个为假基因,36个为tRNA基因,8个为rRNA基因;从基因功能来看,86个蛋白编码基因主要参与光合系统I、光合系统II、细胞色素b/f复合体、ATP合成酶、NADH脱氢酶、核糖体蛋白、RNA聚合酶等生物学过程;利用叶绿体基因组蛋白编码序列与大戟科中其他12种植物构建了系统发育树,结果发现,橡胶树属4个种之间的亲缘关系非常密切.[结论]对于橡胶树远缘杂交育种而言,光亮橡胶树具有潜在的利用价值.