11份蜜环菌种质rDNA-ITS序列分析

摘要

本研究以收集自贵州省(贵州大学农学院M-01~M-07、都匀市M-08、凯里市M-09和福泉市M-11)和湖北省宜昌市(M-10)的11份蜜环菌种质为研究对象,提取其基因组DNA,采用通用引物ITS4/ITS5对核糖体转录间隔区(rDNA-ITS)进行扩增,利用DNAMAN软件对11份蜜环菌种质进行构建同源树并分析其序列特征,采用MEGA软件最近邻距法进行系统发育分析及遗传距离的计算。结果表明,11份蜜环菌种质可分为两个大类4个亚类,第Ⅰ-Ⅰ类包括M-01、M-02、M-04、M-05和M-08-M-10,第Ⅰ-Ⅱ类为M-03,第Ⅱ-Ⅰ类包括M-06和M-07,第Ⅱ-Ⅱ类为M-11,具有较强的同源性(93%);两个大类样品的特征序列均位于ITS1和ITS2区表现为碱基的转换或颠换;共有序列的相似度为88.71%在ITS区存在丰富的变异表现为碱基的转换、颠换和缺失,第Ⅰ类的GC含量(44.2%)高于第Ⅱ类(42.6%);种内遗传距离均为0,第Ⅰ-Ⅱ类和第Ⅱ-Ⅱ类的种间遗传距离最小(0.002),第Ⅱ-Ⅰ类和第Ⅱ-Ⅱ类的种间遗传距离最大(0.035);经NCBI数据库BLAST对比及系统发育分析这4个亚类的样品均不能与下载的蜜环菌归为一支。因此,11份密环菌种质可能是一个较为庞大的复合群,采用通用引物ITS4/ITS5扩增的核糖体基因可以对此类蜜环菌进行分类但不适合作为鉴定的持家基因。