甘蓝蚜和萝卜蚜OBP和CSP的生物信息学分析

摘要

【目的】对菜蚜(桃蚜、甘蓝蚜和萝卜蚜)的OBP和CSP基因进行序列比对和结构分析,为菜蚜气味识别和化学感受相关研究和应用提供参考。【方法】基于公共转录组数据,采用BLAST、多序列比对、保守半胱氨酸序列分析、进化发育树构建和蛋白三维结构同源建模等方法鉴定和分析甘蓝蚜和萝卜蚜的OBP和CSP基因。【结果】甘蓝蚜鉴定出12个OBP基因、8个CSP基因,萝卜蚜鉴定出12个OBP基因和12个CSP基因;经序列比对和系统进化树分析,直系同源基因在3种菜蚜(甘蓝蚜、萝卜蚜及桃蚜)之间相似度较高,但不同OBP和CSP基因分化明显;基于保守半胱氨酸序列分析发现,菜蚜的OBP1-4、OBP7-12和OBP14-17属于Classic OBP亚家族,OBP5和OBP6属于Plus-C OBP亚家族,菜蚜CSP基因的半胱氨酸模式序列较保守;Motif特征分析表明菜蚜CSP基因比OBP基因更保守;采用同源建模方法发现豌豆蚜和3种菜蚜的OBP3蛋白三维结构极其相似。【结论】3种菜蚜OBP基因和CSP基因在基因数目和序列特征上存在一些差异,但是直系同源基因之间非常保守。