结直肠癌组织中差异表达cirRNA的筛选及功能分析

摘要

目的 筛选结直肠癌组织中差异表达的环状RNA(circRNA),并分析其在结直肠癌发生发展中的作用.方法 收集9例原发性结直肠癌患者的肿瘤组织及癌旁正常组织标本,根据TNM分期分为A(T1～3 N0 M0)、B(T4a～b N0M0)、C(T4a～bN1～2M0)组.用Affymetrix Clariom D芯片检测、筛选各组差异表达的circRNA并进行聚类分析和表达趋势分析,通过构建共表达调控网络筛选重点差异表达circRNA及其对应的mRNA.利用GO数据库和KEGG数据库分别进行基因功能注释分析和信号通路富集分析,最终筛选功能最显著的基因及其对应circRNA.结果 A组癌组织与癌旁组织比较,circRNA表达降低者有165个、升高239个;B组分别为284个、276个;C组分别为190个、220个.随着结直肠癌病情进展,差异表达circRNA的表达水平呈逐渐下降趋势.选择既符合主流表达变化趋势同时更具有统计学意义的circRNA群与共表达调控网络基因属性评分前10位的circRNA进行交集处理,筛选出8个与结直肠癌进展密切相关的circRNA即hsa_circ_0000007、hsa_circ_0001111、hsa_circ_0006977、hsa_circ_0079656、hsa_circ_0023608、hsa_circ_0024508、hsa_circ_0026694、hsa_circ_0029903.预测8个circRNA相应的mR-NA,GO分析及KEGG分析结果显示,被富集的大部分基因及hsa03010通路主要参与核糖体RNA的加工与代谢、RNA的剪切与加工处理等细胞基础功能,其中hsa_circ_0079656相关的HINFP基因主要参与细胞周期中G1/S期转录过程调控.结论 hsa_circ_0079656在结直肠癌组织中低表达,且随结直肠癌进展表达逐步降低;其可能通过作用于HINFP基因调控细胞周期中G1/S期的转录过程,进而影响结直肠癌的进展.