基于生物信息学的胃腺癌组织中miRNA差异表达分析及其临床意义

摘要

目的 基于生物信息学分析胃腺癌组织中微小RNA(miRNA)差异表达情况,寻找可作为胃腺癌生物标记物的miRNA.方法 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载胃腺癌相关数据集,分析肿瘤组织与正常组织之间miRNA的表达差异.利用Kaplan-Meier曲线进行患者生存分析,筛选具有潜在生物标记物性质(高表达、预后差)的miRNA.利用生物信息学预测miRNA的靶基因,通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行基因富集分析,以判定差异基因主要影响的生物学功能或者通路.结果 TCGA数据库分析结果发现,相对于45份正常组织,446份胃腺癌组织中存在319个差异表达miRNA,其中下调95个、上调224个.进一步通过生存分析筛选出6个高表达、与预后有关的miRNA(miR-217、miR-216a、miR-200b、miR-1911、miR-675、miR-96),其中miR-217高表达者预后差.胃腺癌组织中miR-217表达量为303.2±55.16,高于正常组织中的84.82±13.42(P ＜0.001).通过Targetscan和miRDB生物信息预测软件对miR-217潜在靶基因取交集,获得151个有效靶基因;GO和KEGG分析结果显示,miR-217的这些靶基因与调节细胞凋亡、细胞周期、大分子代谢、蛋白酶的活性密切相关.结论 利用生物信息学分析发现,与正常组织比较,胃腺癌组织中存在miRNA的差异表达;其中miR-217在胃腺癌组织中表达上调,通过调控靶基因参与相关的信号通路而导致患者预后不良,可成为胃腺癌的生物标记物.