Hsa-miR-1在人食管癌细胞株中的表达及生物信息学分析

摘要

目的 探讨Hsa-miR-1在人类食管癌发病中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测分析,从而为后续Has-mir-1功能的研究提供线索.方法 通过实时荧光定量PCR法,检测人食管癌细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中Hsa-miR-1的相对表达水平;应用miRBase获取、分析Hsa-miR-1序列特征并比较其同源性大小;应用HGNC、NCBI mapviewer、UCSC Browser工具分析Hsa-miR-1所在基因组特征;应用TargetScan6.1、PicTar 及miRanda预测Hsa-miR-1的靶基因,取三者预测结果交集,并结合已证实的靶基因,进行功能注释(Gene Ontology)和通路富集分析(Pathway enrichment).结果 KYSE150中Hsa-miR-1表达显著低于Het-1A细胞;Hsa-miR-1在物种进化上具有很强的保守性,其靶基因显著富集在癌症通路、与癌症发生相关的信号通路以及心肌通路中.结论 Hsa-miR-1可能参与了食管癌的发病机制,其预测靶基因集合富集于多个生物学过程并且显著富集于癌症通路;此为后续Hsa-miR-1生物学功能的研究奠定了基础.