LncRNA MEG3在胶质瘤组织中的表达变化及其相关功能

摘要

目的基于生物信息学分析长链非编码RNA(LncRNA)母系表达基因3(MEG3)在胶质瘤组织中的表达变化及其相关功能。方法基于人类蛋白质图谱(HPA)数据集分析MEG3在不同组织中的表达,根据癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据集应用R软件分析其在泛癌中的表达,进一步使用泛胶质瘤数据集(TCGA-GBMLGG)中的临床病理特征资料分析MEG3在胶质瘤与正常脑组织的表达关系,同时分析不同WHO分级以及胶质瘤重要分子病理标志(IDH突变与1p/19q共缺失)与MEG3表达的相关性;并应用临床预后数据绘制各MEG3亚组患者的生存曲线,用基因型-组织表达(GTEx)数据库匹配TCGA-GBMLGG数据集,绘制受试者工作特征曲线评估其诊断效能。应用Linkedomics数据库中的TCGA-GBMLGG数据分析MEG3共表达基因的功能富集情况,应用R软件DESeq2软件包分析以MEG3作为亚组的不同亚组间差异表达基因,用Metascape数据库分析差异基因的表达,用基因集富集(GESA)分析全部差异表达基因富集的功能通路,单样本基因集富集(ssGESA)与肿瘤免疫估算数据库(TIMER)分析MEG3表达与胶质瘤免疫浸润状态的关系。结果MEG3在胶质瘤组织中低表达,与1p/19q共缺少相关;MEG3可区分正常脑组织与胶质瘤组织。MEG3相关表达基因的功能富集结果显示,其与神经系统与免疫功能密切相关;MEG3的差异基因功能富集结果显示其与干扰素反应相关,主要影响巨噬细胞、细胞毒性细胞的免疫浸润状态,并且不同MEG3分组的临床样本中多种免疫细胞富集分数具有显著差异,提示MEG3低表达可能与胶质瘤的免疫抑制微环境相关。结论MEG3在胶质瘤组织中低表达,可作为胶质瘤的诊断标志物与预后标志物,有望成为胶质瘤免疫治疗和相关研究的重要靶点。