许氏平鲉(Sebastes schlegelii)EST-SSR标记开发及通用性检测

摘要

利用已发表的EST序列设计引物并结合PCR筛选的方法,对许氏平鲉由多态EST-SSR引物进行了开发.结果表明:(1)许氏平鲉EST-SSR位点发现率为9.14％,核心序列以二碱基重复出现频率最高,占到33.03％,其中以TG/CA基序最为丰富.(2)共设计引物56对,46对实现有效扩增,其中18对具有多态性.(3)野生群体遗传多样性分析显示,每个位点观测等位基因数(Na)为2-9,平均观测等位基因数为3.89;观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及平均值分别是0.0333-0.8000、0.0333-0.7927和0.3037、0.3757;每个位点的多态信息含量(PIC)在0.0323-0.7522之间,其中高度多态位点5个,中度多态位点5个;经Bonferroni校正后,3个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,但两两位点间不存在连锁不平衡现象.(4)许氏平鲉多态EST-SSR引物对朝鲜平鳓、褐菖鲉通用性检测结果表明,引物对二者的通用率和多态率分别为88.89％、100.00％和33.33％、88.89％.研究表明,这些通用引物可用于相关物种的遗传多样性评价、系统进化分析和比较基因组作图等研究.