肾综合征出血热患者流产胎儿分离毒株84FLi的全基因序列分析

摘要

目的克隆和测定汉滩病毒疫苗生产株84FLi的全基因组序列,了解其分子基础.方法采用逆转录聚合酶链反应 (RT-PCR),分节段扩增84FLi株L、M和S基因片段的cDNA,直接用PCR产物或克隆入pMD18-T载体后进行测序.结果 84FLi株L、M、S 3个片段的全基因组序列为6533,3616和1688 个核苷酸,分别编码2151,1135,429个氨基酸.A、C、G、T 4种核苷酸分别为3830,2050,2510和3447个,GC含量为38.52%,AT含量为61.48%.序列同源性分析表明84FLi株与分离自广州的RG9株和分离自安徽的Chen4株高度同源.S片段核苷酸的同源性99.6%.与HTNV的国际标准毒株76-118的3个片段核苷酸同源性分别为83.7%、84.0%和87.2%,氨基酸同源性分别为97.5%、96.0%和97.9%.结论 84FLi株属于汉滩型病毒,并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高,与中国株Chen4株和RG9株属于同一个亚型.