中国汉族人群SIM2基因多态性与先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联研究

摘要

目的通过候选基因SIM2上功能性单核苷酸多态性（SNP）位点的筛查,探索SIM2与中国汉族人群先天性脊柱侧凸（CS）及其不同临床表型之间的关联。方法采用病例一对照研究:127例中国汉族CS患者;127例对照为性别、年龄、民族与病例相匹配的非脊柱侧凸患者。用QIAampDNABlood Mini Kit法提取外周血样本的全基因组DNA,根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,选取SIM2的主要功能SNPs。根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型。对所有样本应用SNPstreamUHT Genotyping系统对所选SNP位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组SNP位点间是否存在连锁不平衡。结果共筛选SNPI（rs2073601）、SNP2（r2073417）和SNP3（rs2051397）3个位点,病例/对照组中等位基因频率分别为:SNP1A=13（5%）/15（6%）、SNPlC=241（95%）/239（94%）,SNP2A=49（19%）/44（17%）、SNP2G=205（81%）/210（83%）,SNP3C=68（27%）/58（23%）、SNP3T=186（73%）/196（77%）;基因型频率分别为:SNP1AC=13（10%）/15（12%）、SNPlCC=114（90%）/112（88%）,SNP2AG=49（39%）/44（35%）、SNP2GG=78（61%）/83（65%）,SNP3CC=10（8%）/5（4%）、SNP3CT=48（38%）/48（38%）、SNP3TT=69（54%）/74（58%）,差异均无统计学意义（均P＞0.05）。SNP2和SNP3间存在连锁不平衡,但单倍体型关联分析未见阳性结果。进一步与CS临床表型的关联分析中没有发现阳性位点。结论在中国汉族人群中,SIM2基因遗传变异可能不是引起CS及其不同临床表型的主要因素,有待于进一步研究。