香菇基因组中EST-SSR的构成和分布

摘要

从真菌基因组计划网站(FGP)和NCBI网站数据库下载了符合条件的总长度为8.1×106 bp的11150条香菇的EST(包括10条cDNA)序列,通过SSRhunter 1.3软件结合手工查找,从中发现2.83%即316条EST含有一共469个SSR,平均每17.3kb出现一个EST-SSR.在所有EST-SSR中,三碱基和六碱基SSR出现最多,分别占EST-SSR总数的38.00%和20.00%.出现较多的基序为(A)n、(T)n、(GA)n、(AG)n、(TGA)n、(GAT)n和(代TIT)n,占所有EST-SSR的35.39%.