多方法组合调查新疆阿勒泰地区6种常见鼠传致病菌流行状况

摘要

【背景】鼠传疾病是对人类危害较大的一种人兽共患病,全球化使得鼠传疾病流行区域不断扩大,出现了多种新发鼠传疾病的发生及旧传染病的复燃。【目的】调查新疆阿勒泰地区常见的鼠传致病菌在啮齿动物中的流行状况,为当地自然疫源性疾病防控提供科学依据。【方法】采用夹夜法捕获啮齿动物,无菌收集其脾脏和肾脏组织,提取基因组DNA。应用TaqMan探针法的荧光定量聚合酶链式反应(quantitative polymerase chain reaction,qPCR)检测巴尔通体(Bartonella spp.)、问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi)、莫氏立克次体(Rickettsia mooseri)、嗜吞噬细胞无形体(Anaplasma phagocytophilum)和土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)6种常见的鼠传致病菌。采用16S rRNA基因的通用引物进行常规PCR扩增后,应用Illumina测序和Nanopore测序进一步检测致病菌,同时对脾脏组织进行巴尔通体体外分离培养。比较qPCR、16S rRNA基因测序和分离培养的结果。【结果】共捕获啮齿动物8种66只,其中,乌拉尔姬鼠(Apodemus uralensis)31只,占捕获总数的46.97%,其余为褐家鼠(Rattus norvegicus)、小家鼠(Mus musculus)等。qPCR检测常见的鼠传致病菌感染率为巴尔通体31.80%(21/66)、问号钩端螺旋体1.50%(1/66)、恙虫病东方体1.50%(2/66)、莫氏立克次体3.00%(1/66)和土拉弗朗西斯菌13.60%(9/66),未检出嗜吞噬细胞无形体。16S rRNA基因Illumina测序分析通过质控的23份样品检测出致病菌,以巴尔通体为主;16S rRNA基因Nanopore测序分析通过质控的11份样品检测出巴尔通体,其他5种常见的鼠传致病菌未检出。有11份脾脏组织分离培养出巴尔通体,感染率为16.67%(11/66)。【结论】新疆阿勒泰地区的啮齿动物可携带巴尔通体等多种鼠传致病菌,应关注并加强该地区相关传染病的防治工作。qPCR、细菌分离培养、16S rRNA基因测序3种检测方法可互相补充,更全面地了解当地啮齿动物携带致病菌的状况。