采用cBioPortal分析TP53、EGFR、KRAS、BRAF、ALK、MET、ROS1和RET基因突变在肺癌中的临床意义

摘要

目的:研究常见肺癌基因TP53、EGFR、KRAS、BRAF、ALK、MET、ROS1、RET在肺癌中的表达、突变及肺癌的发展、 预后之间的关系.方法:在cBioPortal网站中下载美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库中提供的1642个肺癌患者2332个样本的基因表达谱和临床资料信息并进行分析,并采用cBioPortal的工具进行突变及生存分析.结果:①肺癌的TP53基因突变率最高,其次是EGFR,其余基因突变率低于10％;②肺腺癌的EGFR和KRAS存在互斥关系(p-Value0.01);③在4种肺癌中,肺腺癌的总体生存月数的中位数高于其他3种肺癌,并且变异组的生存月数的中位数均高于未变异组,但差别并不显著(P>0.05);④肺癌中"拷贝数变异"比基因突变涉及的变异基因数量要多;⑤信号通路在肺癌发生发展中扮演关键作用,信号通路核心基因可能是治疗的潜在靶点,通过突变基因的信号通路分析,为研究肺癌的发病机制、 对靶向药物在临床应用中进行指导.结论:4种肺癌的TP53基因突变率最高,肺腺癌较其他肺癌的生存率较高,并且EGFR和KRAS存在互斥关系,通过cBioPortal分析可挖掘数据库中未被发现的多种基因在靶向治疗方面的重要意义.