运用数字PCR检测乳腺癌组织FFPE样品中人表皮生长因子受体2拷贝数的变化

摘要

目的:建立数字PCR(ddPCR)法检测乳腺癌福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)切片样品中人表皮生长因子受体2(HER2)的拷贝数变化(CNV),并与免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH)结果比较,以寻求更客观、准确、通量的肿瘤标志物检测方法.方法:以细胞系293T、HOEC、SKOV3基因组DNA(gDNA)为模板,对靶基因HER2及校正基因CEP-17建立双通道ddPCR检测法,并对21例IHC检测HER2阳性(++/+++)的乳腺癌FFPE样品进行CNV(HER2/CEP-17)检测,与IHC、FISH结果比较.结果:单、双通道法对HER2 CNV检测结果一致;细胞及临床样品检测结果表明,ddPCR检测HER2 CNV的阴性、阳性Cut-off值分别为1.2、2.1,中间值为1.2～2.1.14例FISH阴性标本中,ddPCR的一致性为93％(13/14);3例IHC“+++”的样品中,FISH检测均为阳性,2例ddPCR检测为阳性,1例(17#)检测临界阳性.2例IHC“++”的样品,FISH检测阳性,但ddPCR检测为阴性.结论:ddPCR能检测样本HER2 CNV,且与FISH结果判读部分一致,具有临床应用前景,但仍需大量样品来进行验证及建立结果判断标准.