上海地区汉族人群STR位点的选择和优化

摘要

目的 选择适用于上海地区汉族人群特点的常见染色体短串联重复序列(STR)位点,并将位点扩增条件优化成一个检测体系,将荧光定量聚合酶链反应(QF-PCR)应用于胎儿常见染色体非整倍体的快速产前诊断.方法 通过48例正常的上海地区汉族人样本的多态性分析,评估位于13、18、21、X、Y染色体上STR位点的杂合度,挑选遗传多态性高的STR位点,优化成一个检测体系,用36例样本[羊水22例、脐血9例、绒毛活检(CvS)5例]进一步评价该检测体系对常见染色体非整倍体检测的敏感性和特异性.同时与染色体核型分析结果进行比对,评价建立的检测方法的有效性.结果 采用杂合度测试从28个STR位点中优选出14个位点,分别为D13S258(0.88)、D13S305(0.90)、D13S634(0.92)、D13S742(0.83)、D18S535 (0.81)、D18S1002 (0.69)、D18S386 (0.75)、D18S391 (0.77)、D21S1435 (0.75)、D21S1412 (0.94)、D21S1446(0.58)、D21S1414 (0.85)、DXS7132(0.77)、DXY218(0.71),与性染色体定性定量特异性非STR位点AMXY、SRY、TAF9B一同优化形成一个扩增体系.将该体系用于检测36例羊水、脐血、CVS样本,共检出35例染色体数目异常,其中21三体(Down综合征)15例、18三体(Edward综合征)12例、13三体(Patau综合征)4例、45,XO(Turner综合征)2例、47,XXY(Klinefelte综合征)l例、47,XYY(Super-Man综合征)l例;余下l例为46,XX(正常女性).QF-PCR结果与核型分析结果完全一致.结论 14个STR位点在上海地区汉族人群中呈现较高的遗传多态性,与性染色体定性定量位点共同构成一个QF-PCR检测体系,能准确检测13、18、21、X、Y染色体的非整倍体.QF-PCR技术能够快速、准确、经济、高效地应用于上海地区汉族人群常见非整倍体的快速产前诊断.