养殖池塘底泥水体中适用于TaqMan荧光定量PCR的不同DNA提取方法

摘要

通过人工模拟即在养殖池塘底泥和水样中加入阳性组织处理样品,对人工模拟的底泥样品分别采用磁珠法、酚氯仿法以及吸附柱法进行核酸提取,结果发现底泥含量对磁珠法和吸附柱法病毒DNA提取效果影响较小,而对酚氯仿法病毒DNA提取效果影响较大,且底泥含量较少提取相对较好.3种病毒DNA提取方法中采用混样提取核酸的效果均好于用上清液提取的效果.吸附柱法和磁珠法对病毒DNA提取效果较接近且明显好于酚氯仿法.通过对不同浓度的PEG6000进行浓缩后提取核酸,结果发现原始水样中未检测到CyHV-2或其含量极低未达到检测限.PEG6000浓度为13％时,核酸浓缩提取效果最佳.本研究为实时监测养殖池塘中的底泥和水体中是否存在病毒提供了一种参考方法,从而更好地维护水产养殖环境的生态安全和促进我国水产养殖业健康可持续发展.