急性高温低氧胁迫下刺参体腔液细胞miRNA表达谱的构建和靶标基因的功能分析

摘要

为了探究刺参应对极端高温、低氧环境的内在分子调控机制,促进刺参养殖产业的可持续发展。本研究以刺参体腔液细胞作为研究对象,分别构建了高温、低氧下miRNA的差异表达谱并分析了差异表达miRNAs的靶基因功能。研究表明:高温组中共发掘了20个差异表达miRNA,其中11个上调,9个下调;低氧组中共发掘了10个差异表达miRNA,其中6个上调,4个下调。高温和低氧胁迫下共同显著差异表达的miRNA为:novel-23、novel-43、novel-45、novel-49、miR-200-3p、miR-71。以三代全长转录组为参考文库,利用miRanda软件对差异表达miRNA的靶基因进行预测,靶标基因KEGG富集分析显示,高温组中共显著富集到36条通路,低氧组中共显著富集到37条通路。其中磷脂酰肌醇激酶-丝氨酸/苏氨酸激酶信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、癌症通路(Pathways in cancer)、黏着斑(Focal adhesion)、丝裂原活化蛋白激酶信号通路(MAPK signaling pathway-fly)等在高温组和低氧组中均有显著富集。研究结果表明,miRNA在刺参响应高温、低氧胁迫中参与了一系列关键的免疫相关过程的调控。