菊花EST-SNP的发掘与特征分析

摘要

下载GenBank数据库中已公布的菊花EST序列7 087条,利用GS De nove Assembler软件进行叠连群构建,EST序列构建275个叠连群,长度共计142 713 bp,发现候选SNP位点214个,SNP平均出现频率为0.15％,共有52个contigs含有SNP位点,每个contig含有4.12个SNP位点,一个contig含有的SNP位点数最多的是40个,40.39％的contigs只含有1个SNP位点；不同叠连群所含SNP位点的数量差异较大,且转换类型明显高于颠换类型；Contigs的总长度是142 713 bp,平均666.9 bp含有1个SNP位点.另外,还应用Primer Premier 5.0,按照引物设计要求,共设计出1 322对EST-SNP引物.