基于TCGA的子宫内膜癌基因表达的差异性研究

摘要

目的:通过587例TCGA子宫内膜癌(EC)转录组数据进行生物信息学分析,结合55例临床病理样本,寻找EC相关的基因,便于进一步研究.方法:对TCGA中587例EC的高通量测序数据集进行综合生物信息学分析,以确定EC发生发展的候选基因.采用edgeR和DESeq筛选差异基因,随后进行GO分析、KEGG通路分析,构建PPI蛋白质互作网络,利用生存分析,筛选Hub基因.最后使用55例临床病理样本进行验证.结果:筛选出1617个差异基因,这些基因主要涉及有丝分裂、细胞分裂、细胞黏附、血管生成,信号通路主要集中在细胞周期、钙信号通路、cGMP-PKG信号通路、癌症通路、cAMP信号通路、Rap1信号通路、Ras信号通路、p53等,生存分析显示BUB1、BUB1 B、CCNA2、CDCA8与子宫内膜癌患者预后相关(P均<0.05),临床样本验证这4个基因在子宫内膜癌和对照组之间存在统计学差异(P均<0.05).结论:筛选出4个生存相关的Hub基因,分别为BUB1、BUB1 B、CCNA2、CDCA8可能与EC发生发展相关,可为之后的临床和基础研究提供依据.