人SFRP1基因及其编码蛋白基本特性及抗原表位的生物信息学分析

摘要

目的:通过生物信息学分析人分泌型卷曲相关蛋白1(SFRP1)基因编码蛋白的主要特性与抗原表位,筛选该蛋白的T/B细胞联合表位.方法:利用蛋白分析专家系统(ExPASy)提供的ProtParam、SignalP、SOSUI、Motif Scan、NCBI上的ORF finder、SYFPEITHI、NetCTL等生物信息学在线分析程序,结合Gene Runner、DNAMAN、DNAStar等生物信息学软件,分析、预测SFRP1蛋白的理化性质、信号肽、可溶性、表面可及性、可塑性、跨膜区、翻译后修饰位点、亲(疏)水性、二级结构、T/B细胞抗原表位等.结果:该蛋白由314个氨基酸组成,分子式为C 1588 H2516 N426 O436 S26,分子质量单位为35.3856kD,等电点理论值为9.10,波长280nm时的吸光度(A)值为1.029,半衰期为30h,有16个潜在B细胞表位、2个CTL表位和辅助性T细胞联合表位、3个T/B细胞联合表位,为可溶性表达蛋白.结论:SFRP1基因编码的SFRP1为可溶性表达蛋白,有3个T/B细胞联合表位,可作为人类多种肿瘤免疫学治疗的重要靶点.