基于转录组数据开发福建柏EST-SSR标记

摘要

福建柏是一种优良的材用树种,主要分布于中国东南部至西南部以及越南北部。开发表达序列标签-简单序列重复(Expression sequence tags-simple sequence repeat, EST-SSR)分子标记有利于完善福建柏育种策略。采用转录组测序技术(RNA-seq)进行测序及基于转录组组装的SSR的开发,初步获得109个引物和12个EST-SSR多态性标记。从3个种群的57个福建柏个体中鉴定的等位基因数目为2~8个。观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的范围分别在0~1和0.051~0.775之间,均值分别为0.277和0.420等位基因多态性信息含量的范围在0.139~0.784之间,平均为0.482。实验结果提供了一套可用于监测福建柏种群动态以及发展育种和遗传保护措施的微卫星标记。