宏基因组下一代测序技术在肺部感染中的临床应用

摘要

由细菌、病毒或真菌等病原体引起的肺部感染在全球范围内的发病率和死亡率呈上升趋势,是导致生命死亡的主要原因之一[1-2]。作为一种呼吸道感染性疾病,肺部感染可引起多种并发症[3],特别是在基础疾病多、免疫功能差的患者中[4],将极大的影响患者的预后[5]。由于患病环境、患病人群、疾病严重程度、检测技术的不同,致病微生物也不尽相同[6]。同时多种多重耐药菌以及新型病原体的大量出现,也给临床医生在抗菌治疗时带来了挑战[7]。因此尽早识别微生物病原体、确保精准抗生素治疗是至关重要的[8]。然而目前明确病原体的传统检测方法,耗费时间长且检出率低下[9],在我国有近半数肺部感染患者的病因诊断尚不明确[6],仅能在30%~40%的CAP患者中识别病原体[10-11]。新型的病原体诊断工具mNGS也因此备受青睐。mNGS通过对提取的DNA或RNA进行直接测序,可以对样本中存在的几乎所有病原体进行无偏移检测[12-13]。理论上mNGS不仅可以检测临床样本中的任何微生物[14],而且可以区分病原微生物和背景共生菌[15]。mNGS以其快速且精准的检测优势,可帮助临床迅速和准确的控制感染[16-17]。