苯丙氨酸解氨酶基因密码子偏好性与进化分析

摘要

利用Codon W与EMBOSS等程序,分析42种不同植物来源的PAL基因序列密码子偏好性及可能形成机制,旨在为植物PAL基因的表达提高提供理论指导。RSCU结果显示,相比其他植物单子叶植物的密码子偏好性较高,CUC是其最优密码子。单子叶等植物偏好以G/C编码,双子叶植物偏好以A/T编码。ENc-plot结果表明,双子叶植物的偏好性主要受自然选择的影响,而单子叶植物的偏好性受到突变与自然选择的双重影响。聚类分析表明,基于CDS序列的聚类比基于RSCU聚类更适合作为植物系统发育分析。绝大多数单子叶植物适合在大肠杆菌中表达,而双子叶植物的PAL基因适合在酵母中表达;拟南芥相比烟草更适合作为所有42种植物PAL基因的遗传转化宿主。研究结果可为植物PAL基因的遗传进化研究与功能验证等奠定理论基础。