牡蛎诺如病毒多样性研究中病毒富集方法的评估

摘要

牡蛎作为诺如病毒的载体,含有几乎所有的GI型和大部分GII型诺如病毒.为了有利于牡蛎中诺如病毒多样性的研究,对4种常用于宏基因组测序中病毒富集方法(PEG6000沉淀法、超速离心法、过滤法和直接提取法)进行比较评估,将含有GII.4型诺如病毒基因的慢病毒(Lentivirus)加入阴性牡蛎中作为内参,利用反转录荧光定量PCR计算4种方法处理前后Lentivirus的数量,以回收率作为方法评估的指标,并以16S PCR来验证处理后微生物污染情况.重复本实验得到的两次结果均显示这4种方法回收率无明显差异,直接提取法回收率相对较高,但同时也具有较为严重的微生物污染.综合考虑其仍显示较好的优越性,因此直接提取方法更适用于后期牡蛎诺如病毒多样性研究中RNA的提取.