不同养殖密度虹鳟幼鱼生长和肌肉转录组比较分析

摘要

为探明养殖密度对虹鳟幼鱼生长性能的影响,对高密度(6.99 kg/m^(3))、中密度(4.66 kg/m^(3))、低密度(2.33 kg/m^(3))养殖条件下虹鳟生长和肌肉转录组进行比较分析。试验结果显示:养殖32 d后,低密度组终末体质量等指标均高于中、高密度组;每个样品转录组有效数据均达5.99 Gb,比对效率91.67%~92.77%,共发掘5501个新基因,其中4121个得到注释,1380个未得到注释;低密度组与高密度组、低密度组与中密度组、中密度组与高密度组比较分别获得了2760、654、2316个差异表达基因,其生物学过程和细胞组分均富集在DNA整合、DNA介导的转位和褶皱,分子功能主要富集在细胞骨架的结构组成(低密度组与高密度组、中密度组与高密度组差异表达基因)和DNA结合、氧化还原酶活性作用于成对供体结合或重组(低密度组与中密度组差异表达基因),且分别有920、196、743个差异表达基因定位到相应的212、112、189个特定代谢途径;通过人工筛选获得了19条与生长和应激相关的基因序列。试验结果表明,养殖密度对虹鳟幼鱼生长及相关基因的表达产生显著影响。