异育银鲫c型溶菌酶全长cDNA序列的生物信息学分析及其组织表达分析

摘要

利用RACE及克隆等方法获得了异育银鲫(Carassius auratus gibelio)c型溶菌酶基因全长cDNA序列.序列分析表明,所克隆的异育银鲫溶菌酶的cDNA全长751bp,包括溶菌酶基因开放阅读框(ORF)438bp,5′非编码区(UTR)为109bp和3′UTR为204bp.438bp ORF共编码146个氨基酸,其成熟肽的分子量预测值为14543·6,理论等电点为8·86.通过Clustal W软件,将异育银鲫和其它多个物种c型溶菌酶的氨基酸序列进行多序列比对发现,所克隆的异育银鲫溶菌酶编码的氨基酸序列中存在c型溶菌酶的活性中心(Glu53和Asp69),且与活性位点相邻的氨基酸序列高度保守.同时,8个保守的半胱氨酸残基也与其它物种的c型溶菌酶相一致.结合BLASTN分析的结果,可以确认所获得的异育银鲫溶菌酶cDNA序列属于c型溶菌酶.异育银鲫c型溶菌酶和人c型溶菌酶(pdb1at6-)在蛋白质序列上有50%相似性,其三维(3-D)结构非常类似.通过氨基酸空间位置比较发现,两者具有类似的酶活中心,异育银鲫c型溶菌酶只能形成3个二硫键,比人少1个.荧光定量RT-PCR检测和溶菌酶活性测定显示,异育银鲫头肾和脾脏c型溶菌酶mRNA的表达量约为肝胰脏的2·9倍和1·7倍,异育银鲫头肾和脾脏的溶菌酶活性约为肝胰脏的6·2倍和4倍.