整合BLAST搜索与GO注释的软件GoBlast

摘要

随着越来越多基因组测序的完成,人们可以获得大量的序列信息,如何利用这些信息对未知基因的功能进行预测是一个非常重要的问题.Blast是基本的预测新基因功能的工具,但是仅通过Blast的原始搜索结果,尚无法获得相关基因本体论(geneontology,GO)注释信息.目前,用户为了获得新基因的GO注释信息,首先需要进行Blast搜索,然后用Blast搜索的结果到GO网站去查询相关的GO注释信息.这浪费了大量的时间,尤其是当Blast的结果数据量很大时.为此,基于GO分类系统,整合BLAST的结果信息,结合bioperl模块,使用perl语言开发了GoBlast软件.通过GoBlast系统,对于新基因,研究人员只须1次分析运算,就可以同时获得Blast搜索结果和GO注释信息,从而有效地提高了基因功能注释的可信度,加速了功能基因组学的研究.GoBlast为B/S(Browser/Server)架构,用户客户端只要有浏览器程序,就可以通过国际互联网在http://bioq.org/goblast上使用GoBlast系统.