芸苔属(Brassica)植物中MicroRNA的生物信息学预测与分析

摘要

MicroRNA(miRNA)是一类调控基因转录后表达的非编码的小分子RNA.它在生物的发育、细胞增殖、凋亡以及胁迫响应等生物过程中发挥着重要的调控作用.目前,分离和鉴定miRNA的方法主要包括实验方法(遗传筛选、直接克隆)和生物信息学方法.MiRNA存在表达丰度低,表达组织特异性,以及受特殊诱导等问题,用传统的实验法常难发现和鉴定miRNA.通过生物信息学方法在已有的各种基因库中寻找未知miRNA,大大提高了人们发现miRNA及其靶基因的效率.芸苔属(Brassica)的成员包括油菜、芜青、甘蓝等,是世界各国主要油料和食用作物.目前,油菜的miRNA的分离和鉴定工作已有文献报道,而其它的尚属空白.本文将拟南芥、水稻等植物已知的miRNA分别与芜青、甘蓝、野芥菜、黑芥菜、埃塞俄比亚芥的GSS和EST数据库进行比对搜索,采用一系列标准进行筛选,最后分别在芜青和甘蓝中预测到67个和95个miRNA.再把这些预测得到的miRNA分别与芜青和甘蓝的mRNA数据库进行比对搜索,分别找到120个和111个靶基因,除去未知功能及功能不详的,各有62个和48个靶基因.分析结果表明,上述大多数靶基因编码的产物为转录因子及重要代谢酶类,涉及植物的生长发育调控、信号转导及胁迫响应等方面.