大连市一起由境外输入引起的本土新冠肺炎关联病例的病毒基因组特征分析

摘要

目的了解引起大连市本土新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)流行株的基因组特征和变异情况,追溯SARS-CoV-2来源。方法选取2022年8月20日—9月14日97例由境外输入引起的COVID-19关联病例的样本。采用SARS-CoV-2全基因组靶向扩增结合高通量测序技术(Ion Torrent测序平台)进行全基因组测序。分析SARS-CoV-2的基因组特征、核苷酸和氨基酸突变位点和基因分型。构建进化树,结合病例的流行病学资料,溯源SARS-CoV-2流行株。结果共获得97例SARS-CoV-2全基因组序列,基因组全长29735~29741 bp,平均测序深度1457×~50485×,测序覆盖率范围95.9%~100.0%。同NCBI数据库中的SARS-CoV-2参考基因组(NC_045512)序列相比,97例SARS-CoV-2全基因组序列共享75个核苷酸突变位点,22例在此基础上新增1~3个突变位点。75个共享突变位点类型包括:4个非编码区和7个基因编码区,其中基因编码区的70个突变位点,来自基因ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF8、N。共享的氨基酸突变类型包括15个同义突变和51个非同义突变。97例SARS-CoV-2全基因组序列,Pangolin分型为BA.5.2.1.21(BF.21进化分支)型,Nextstrain分型为22B型,GISAID分型为GRA型。经与大连SARS-CoV-2基因库的序列比对,与8月9日境外输入的编号20220809-1和20220809-2病例共享75个核苷酸突变位点,高度同源。进化分析结果显示,此次SARS-CoV-2流行株与同时期日本大阪SARS-CoV-2流行株共同处于BF.21进化分支上,与病例20220809-1和20220809-2流行病学调查中的来源国日本一致。结论此次SARS-CoV-2流行株属于Omicron变异株(BF.21进化分支),来源于日本。