福建省登革1型病毒基因组序列测定及进化分析

摘要

目的 对分离自福建省的1株登革1型病毒(FJ231/04)进行全基因组序列测定,并同其它病毒株全基因序列进行比较,了解其序列特征和可能的传播来源.方法 采取分段扩增、克隆、测序的方案,设计10对引物分别扩增不同的片段,基因组5'末端序列采用RACE技术进行扩增,扩增产物随后克隆到质粒载体并测序.通过末端重叠序列进行拼接后组成全长病毒基因组序列.结果 拼接后的病毒全基因组全长10 735 nt,编码一个长的开放读码框.参考已公布的登革1型病毒的全基因序列,对该病毒株进行进化分析.序列的进化分析表明,该福建省分离株属登革1型病毒中的第1群(基因1型)病毒.在遗传距离上,该毒株和2002年的泰国分离株最为接近(差异为0.53%).根据病毒发现时间及其核酸差异,推测该病毒可能是通过在东南亚一带感染者或病人带入福建.结论 通过对登革病毒全基因组序列的测定可以获得毒株的特征.此外病毒序列的进化分析,还可为了解病毒可能的来源以及传播途径,正确了解登革病毒在我省的流行病学概况提供重要的线索.