实时荧光定量PCR确定儿童和青少年髓母细胞瘤分子亚型的准确性分析

摘要

目的探讨实时荧光定量PCR方法（RT-qPCR）诊断儿童和青少年髓母细胞瘤分子亚型的可靠性。方法回顾性纳人首都医科大学附属北京天坛医院神经外科2011年1月至2015年12月经病理学确诊为髓母细胞瘤的患者30例。采用RT-qPCR方法对肿瘤的冰冻样本进行检测,选取11个分子亚型特征性标记基因（OTX2、FOXG1B、MYC、DKK1、WIF1、DKK2、MYCN、SFRP1、HHIP、OTX1、NPR3）,依据基因表达水平差异进行无监督聚类分析和微列阵预测分析,并绘制热图和重心图;结合表达谱芯片和免疫组化方法进行验证,采用单因素方差分析分子亚型间标记基因表达值的差异,分析分子亚型临床因素分布的差异。结果采用RT-qPCR方法可将30例髓母细胞瘤患者分成4个分子亚型,其中SHH亚型17例,WNT亚型4例,Group 3亚型4例,Group 4亚型5例,分型结果与免疫组织化学染色结果和无监督聚类分析结果完全一致;在各个亚型间,11个特征性标记基因的表达差异均有统计学意义（P＜0.01或P＜0.05）,其中SFRP1、MYCN、NPR3及MYC是区别亚型的关键基因;SHH亚型和WNT亚型在性别分布上（男:女分别为4.7:1.0和1:3）、诊断年龄上（≤3岁:3~16岁分别为1.0:4.7和3:1）,差异均有统计学意义（均P=0.022）。结论 RT-qPCR方法能准确确定儿童和青少年髓母细胞瘤的4个分子亚型。