球毛壳菌部分表达序列标签的生物信息分析

摘要

球毛壳菌属于子囊菌门,是一种植物病害的广谱生物防治菌.为了解球毛壳菌的遗传背景和为生产上的应用打下基础,构建了球毛壳菌菌丝体的cDNA文库.测序产生了3507个可读序列,进一步分析时去掉小于100bp的短序列.用phrap软件对所获得的3116个表达序列标签(EST)进行拼接,生成387个contigs 和1023个singlets.BLAST分析表明513个单一基因是已知基因, 897个单一基因代表新基因.通过E-mail从国际DNA数据库(DDBJ)取得了1410条序列的登录号.从已知基因中鉴定了3类生物防治相关基因.研究结果表明,利用EST途径鉴定球毛壳菌的基因是非常有效的,而且能为生物防治分子机理和生物防治基因表达产物生产技术的研究提供重要线索.