海带配子体叶绿素a/c结合蛋白基因lhcf6的序列特征与系统发生分析

摘要

通过根据糖海带(Laminaria saccharina)叶绿素 a/c 结合蛋白基因 lhcf6 的 cDNA 序列设计的引物和 PCR 方法获得了海带(L.japonica)配子体 llwf6 基因的 cDNA 全长序列(GenBank 登录号:DQ250739).该序列的开放阅读框(ORF)与糖海带 lhcf6 编码序列的相似性高达 99%,而两非翻译区(UTR)序列的相似性只有94%.经推测,海带配子体 lhcf6基因序列的 ORF 编码一个含 218 个氨基酸的前体蛋白 LHCF6,其氨基端的 40 个氨基酸组成跨质体内质网和叶绿体膜的信号肽,跨膜酶切后变为含 178 个氨基酸的成熟蛋白,它的分子量为 19.3 kD,等电点为 4.88.预测的成熟蛋白 IJ-ICF6 高级结构存在 2 个保守性的β折叠和 3 个跨类囊体膜的 a 螺旋区.根据海带配子体 LHCF6 成熟蛋白以及 GenBank 中 12 个同源蛋白质的氨基酸序列所构建的 Neighbor-joining 分子进化树,显示藻类在光捕获蛋白氨基酸序列水平上存在着蓝藻与红藻、杂色藻类、裸藻与绿藻等三个方向的演化途径,其中裸藻和绿藻与高等植物的亲缘关系更近.