基于线粒体DNA D-loop区序列分析中国及新西兰奶山羊遗传进化关系

摘要

[目的]分析我国地方培育奶山羊品种与国外引进品种的遗传进化关系。[方法]以4个国内奶山羊品种(文登奶山羊、关中奶山羊、崂山奶山羊、雅安奶山羊)和3个新西兰引进奶山羊品种(阿尔卑斯奶山羊、吐根堡奶山羊、萨能奶山羊)为研究对象,采集33只个体的外周血样本,提取血液基因组DNA,利用PCR法扩增线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区全长序列,对测序获得的序列进行生物信息学分析,探究不同奶山羊品种的遗传多样性及进化关系。[结果]7个品种奶山羊的mtDNA D-loop区中A、T碱基含量高于G、C碱基含量。共检测到82个多态位点,25个单一多态位点,55个简约信息位点。各品种单倍型多样度(Hd)范围为0.905~1.000,核苷酸多样度(Pi)范围为0.00151~0.01332;共存在26种单倍型,文登奶山羊和萨能奶山羊各有5个单倍型,阿尔卑斯奶山羊有4个单倍型,崂山奶山羊、吐根堡奶山羊、关中奶山羊、雅安奶山羊各有3个单倍型;各品种核苷酸平均差异数(KXY)范围为6.40000~38.45000,核苷酸歧异度(DXY)范围为0.00579~0.03476,遗传分化系数(GST)范围为0.00000~0.18605,遗传分化指数(FST)范围为0.23156~0.97152。品种间系统发育树表明,文登奶山羊和崂山奶山羊聚为一支;关中奶山羊与3种新西兰奶山羊遗传距离较近,从遗传学角度证实了关中奶山羊由国外奶山羊与地方品种经杂交选育而成;雅安奶山羊与其他品种遗传距离最远。[结论]中国奶山羊存在2个支系起源且未发现群体扩张;中国培育奶山羊品种含有较多的国外奶山羊血统;文登奶山羊与崂山奶山羊亲缘关系较近,雅安奶山羊在遗传进化中可能存在地域隔离。