马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发

摘要

为开发马口鱼（Opsariichthys bidens）多态性简单重复序列（simple sequence repeat, SSR）标记，利用微卫星识别工具（microsatellite identification tool, MISA）搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析；选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示：马口鱼全基因组中SSR总数量为304 870个，占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR＞四核苷酸SSR＞三核苷酸SSR＞六核苷酸SSR＞五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多，为93 380个；5′非翻译区SSR数量最少，为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区＞基因间隔区＞启动子区＞3′非翻译区＞编码区＞5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5～350,主要集中在5～30。通过筛选得到15对多态性引物，在野生群体马口鱼中共检测到106个等位基因，观测杂合度为0.125～0.813,期望杂合度为0.359～0.862,多态信息含量（PIC）为0.339～0.830,其中12对引物具有高度多态性（PIC＞0.5）。这些微卫星标记为马口鱼的种群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究提供了基础数据。