水稻黑条矮缩病毒S8和S10基因序列分析和芋花叶病毒全基因组的测定

摘要

黄淮海平原是我国重要的玉米产区。玉米粗缩病在黄淮海地区发生普遍，给黄淮海地区玉米安全生产造成了严重威胁。
　　 本研究用RT-PCR方法对山东、江苏、安徽等地采集的玉米、小麦和灰飞虱样品携带水稻黑条矮缩病毒(Rice black streaked dwarf virus，RBSDV)的情况进行了检测，测定并分析了部分分离物S8和S10的序列，以期明确山东RBSDV的来源，为玉米粗缩病的防治提供理论依据。
　　 获得了8个山东RBSDV分离物的S8序列和49个RBSDV分离物的S10序列。这些分离物的S8片段全长均为1936 bp，5’-非编码区(5’-UTR)为24 bp，3’-非编码区(3’-UTR)为136 bp，含有一个1776bp的开放阅读框(ORF)，编码591个氨基酸(aa)，与其他RBSDV分离物S8片段的核苷酸(nt)和aa序列一致率分别为96.3％-99.5％和99.4％-99.9％；S10片段全长1801bp，5’-UTR为21 bp，3’-UTR为103 bp，含有一个1678 bp的ORF，编码558个aa，与其他RBSDV分离物S10片段的nt一致率为93.4％-99.5％，aa一致率为
　　98.4％-99.9％。在根据S10基因构建的系统进化树中，RBSDV分离物可以分为与地理和寄主来源无关的两个组，每组分离物均可再分为两个亚组。来自不同地区或寄主的RBSDV种群均处于负向(或纯化)选择。江苏和山东RBSDV分离物之间，以及山东小麦和玉米RBSDV分离物之间基因交流频繁。
　　 芋花叶病毒(Dasheen mosaic virus，DsMV)是世界性分布的危害天南星科植物的重要病毒。本研究通过RT-PCR和5'-RACE的方法，克隆了泰安掌叶半夏DsMV分离物的全基因组序列。该序列全长为10030 nt，5’-UTR为165 nt，3’-UTR为250 nt，含有一个9612 nt的ORF，编码一个由3203 aa组成的多聚蛋白。该分离物与DsMV分离物M13(AJ298033)的nt和aa一致率分别为83.86％和96.53％。在根据CP基因构建的系统进化树中，41个DsMV分离物分成2个组，其中Ⅰ组有40个分离物，进一步分为ⅠA亚组、ⅠB亚组和ⅠC亚组；Ⅱ组只有一个分离物。本论文得到的分离物属于ⅠA亚组。