Un algoritmo con feedback energético para la simulación cinemática del movimiento de las proteínas

摘要

Las proteínas son parte esencial en las funciones del cuerpo humano. Por este motivo es de vital importancia comprender la forma en la que dichas funciones se llevan a cabo. Recientemente un nuevo enfoque, basado en el paralelismo entre proteínas y mecanismos espaciales ha permitido desarrollar nuevos métodos para la obtención de las trayectorias atómicas del movimiento de proteínas utilizando conceptos de la cinemática de mecanismos. En este articulo se presenta una metodología para la simulación del movimiento de las proteínas que se apoya en la evaluación de la energía potencial de la misma a lo largo de su movimiento eliminando la necesidad de realizar un proceso de minimización. Este procedimiento presenta un buen compromiso entre esfuerzo computacional y precisión obtenida. Asimismo, se presenta un algoritmo para normalizar la estructura de la proteína de cara a lograr una simulación eficiente de su movimiento. Finalmente, se presentan los resultados de la aplicación del procedimiento presentado a la proteína pirofosfatasa inorgánica (famila II) de Streptococcus gordonii.