乳房炎奶牛乳腺组织lncRNA深度测序及生物信息学分析

摘要

乳房炎是奶牛最常见的疾病之一,也是造成奶牛业损失最严重的疾病.长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是长度大于200个核苷酸非编码RNA,近几年成为备受瞩目的哺乳动物转录组重要成员,与人类肿瘤、神经系统疾病、免疫及防御等方面有密切联系.以1头正常泌乳奶牛和2头患有临床乳房炎奶牛为样本,用外科手术法取其乳腺组织,提取其总RNA,构建文库,最后用IlluminaHiSeqTM2000进行测序,并对测序结果进行生物信息学分析.结果表明:共获得36242个lncRNA,其中505个与数据库中有同源性,同时预测了lncRNA35737个;1号染色体表上lncRNA最多(1814条),26号染色体上lncRNA最少(526条).1278条lncRNA外显子数量在2个或2个以上,其余lncRNA外显子数量均为1个.这些lncRNA预测到100个lncRNA family,其中MIR821family包含的lncRNA数量最多,为1073条,NRON、Phage_pRNA、RNAIII和snR86等family均只包含1条lncRNA.lncRNA family CG含量为45.5％±9.15％.本研究为下一步进行lncRNA功能及作用机制研究打下良好的基础.