基于东海带鱼转录组测序的微卫星特征分析

摘要

为充分挖掘东海带鱼基因资源,开发东海带鱼微卫星标记,本研究以东海带鱼转录组测序数据为基础,采用MISA软件进行其微卫星数据的分析.结果共获得SSR总数为49311个,其中完整的微卫星共有44625个,复合型SSR数目为4687个.SSR bp片段长度由11至374不等.重复长度小于20bp的序列,有30997条,占总数的69.46％.其中在11～15bp的数量最多,16～20次之.此外,本研究结果显示东海带鱼SSR中共有68种重复基元,二、三、四、五、六碱基重复基元分别有4、10、26、17、9种.除单核苷酸类型外,二碱基重复SSR含量最高,约占总数的30.63％,其中出现的频率最多的是(AC/GT)n.本研究的结果,可为今后带鱼的微卫星分子标记开发、遗传连锁图谱构建、以及种质资源保护等提供重要科学依据.