福建省一株CSFV流行毒株全基因测定与序列分析

摘要

根据GenBank公布的CSFV标准参考毒株全基因组序列,设计11对引物,应用RT-PCR方法分别对11个片段进行扩增福建流行毒株CN-FJLY的全基因组,与参考毒株进行序列分析比较.结果表明福建流行毒株CN-FJLY基因组全长为12296bp,与参考毒株SXCDK、HEBZ、GXWZ02、HNLY-2011和Zj0801的全基因组核苷酸同源性为93.0％～97.0％,而与1.1亚群的中国强毒Shimen、疫苗株HCLV全基因组核苷酸同源性为84.4％～85.3％.基于全基因组及E2基因构建的遗传进化树分析结果表明福建流行毒株CN-FJLY属于2.1b亚群,与Shimen株、HCLV疫苗株亲缘关系较远.与HCLV相比较CN-FJLY基因组变异较大的是5'UTR、E-、E2、P7、NS2、NS5A、NS5B和3'UTR.综上表明福建省猪瘟流行毒株正在向远离疫苗株的方向变异.