军曹鱼MHC-Ⅱβ基因全长cDNA的克隆与组织表达分析

摘要

采用同源克隆和末端快速扩增(RACE)的方法，得到1161bp的军曹鱼(Rachycentron canadum)MHC-Ⅱβ全长cDNA片段。该序列包括20bp的5’末端非编码区(UTR)，394bp的3’UTR及747bp的开放阅读框(ORF)，编码248个氨基酸，预测其蛋白质分子量约为27.99ku，等电点为6.21。通过构建MHC-Ⅱβ氨基酸序列的系统进化树，并进行氨基酸相似性比对，结果表明，军曹鱼和已知鱼类、鼠(Musmusculus)、鸡(Gallus gallus)及人类(Homo sapiens)MHC-Ⅱβ氨基酸的同源性在28.5％-77.5％之间。所推测的蛋白序列具有一些重要的特征，包括：前导肽、B1、B2和CP／TM／CYT区，保守的半胱氨酸等。Real-time PCR检测结果显示，MHC-Ⅱβ基因在正常军曹鱼组织中均表达，但表达量在各个组织中不同，其中，头肾表达较强，鳃、脾、肠表达程度中等，在心、脑、肌肉中表达较弱。